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직장인 휴직·복직 시 급여와 세금 처리 구조 완전 정리

by Sunly 2026. 1. 10.

직장인의 휴직·복직 시 급여와 세금 처리 구조

직장인에게 휴직과 복직은 단순한 근무 형태 변화가 아니라 급여 지급 방식, 세금 부과 구조, 사회보험 처리까지 함께 달라지는 중요한 전환점이다. 특히 육아휴직, 질병휴직, 개인 사유 휴직 등 휴직 사유에 따라 급여 성격과 과세 여부가 달라지기 때문에 구조를 이해하지 못하면 예상치 못한 세금 문제를 겪을 수 있다. 2026년 기준 제도를 바탕으로 휴직·복직 시 급여와 세금이 어떻게 처리되는지 구조적으로 정리한다.

1. 휴직 기간 중 급여 지급 구조의 기본 원리

휴직 기간 동안의 급여는 크게 회사 지급 급여와 공적 제도에서 지급되는 급여로 나뉜다. 무급휴직의 경우 회사로부터 급여가 지급되지 않으며, 유급휴직은 회사 규정에 따라 일정 비율의 급여가 지급된다. 이 단계에서 급여 성격에 따라 세금 처리 방식도 달라진다.

회사에서 지급하는 급여는 기본적으로 근로소득에 해당하며, 지급 여부와 관계없이 과세 대상이 된다. 반면 고용보험이나 국가 제도를 통해 지급되는 급여는 근로소득이 아닌 기타 소득 또는 비과세 소득으로 분류되는 경우가 많다. 휴직 급여의 출처를 구분하는 것이 가장 중요한 출발점이다.

2. 육아휴직 급여와 세금 처리 방식

육아휴직 기간 동안 지급되는 육아휴직 급여는 고용보험에서 지급되는 급여로, 원칙적으로 비과세 소득에 해당한다. 따라서 일반적인 근로소득처럼 원천징수 세금이 발생하지 않는다.

다만 회사에서 별도로 지급하는 육아휴직 보전 급여나 상여 성격의 지급금이 있다면 이는 근로소득으로 과세될 수 있다. 육아휴직 중 수령하는 금액이 모두 비과세라고 오해하면 연말정산이나 종합소득세 신고 시 혼란이 발생할 수 있다.

3. 질병·개인 사유 휴직 시 급여와 과세 구조

질병 휴직이나 개인 사유 휴직의 경우 급여 지급 여부는 회사 내부 규정에 따라 달라진다. 회사에서 급여를 지급하는 유급휴직이라면 해당 금액은 근로 제공 여부와 무관하게 근로소득으로 과세된다.

무급휴직이라 하더라도 병가 수당, 단체 보험금, 회사 복지 제도를 통해 금전적 지원을 받는 경우가 있다. 이때 해당 금액의 성격에 따라 과세 또는 비과세 여부가 달라지므로 급여 명목과 지급 주체를 반드시 확인해야 한다.

4. 휴직 기간 중 4대 보험과 세금의 연결 구조

휴직 기간 동안 급여가 줄거나 중단되면 4대 보험 처리 방식도 함께 달라진다. 국민연금과 건강보험은 일정 요건에 따라 납부 유예나 보험료 조정이 가능하지만, 자동으로 중단되지는 않는다.

특히 급여가 없는 기간에도 건강보험료가 지역가입자 기준으로 전환되어 부담이 발생하는 경우가 있다. 이 과정에서 세금과 보험료가 동시에 영향을 받기 때문에 휴직 전후 행정 처리를 미리 확인하는 것이 중요하다.

5. 복직 시 급여 정상화와 세금 조정 과정

복직 후에는 급여가 다시 정상화되지만, 연간 소득 기준으로 보면 휴직 기간이 포함된 한 해는 소득 변동 폭이 큰 해가 된다. 이로 인해 연말정산 결과가 평소와 다르게 나타날 수 있다.

휴직 기간 중 비과세 급여 비중이 높았다면 연말정산에서 환급이 발생할 가능성이 커지고, 유급휴직 비중이 높았다면 추가 납부가 발생할 수도 있다. 복직 후 급여만 보는 것이 아니라 연간 소득 흐름 전체를 기준으로 이해해야 한다.

6. 휴직·복직 구조를 이해해야 하는 이유

휴직은 단순한 쉼의 기간이 아니라 소득 구조와 세금 구조가 일시적으로 바뀌는 시점이다. 이 구조를 이해하지 못하면 세금 환급이나 추가 납부 결과를 우연으로 받아들이게 된다.

반대로 휴직·복직 시 급여와 세금 구조를 이해하고 있다면 연말정산 결과를 예측할 수 있고, 보험료 부담과 현금 흐름도 안정적으로 관리할 수 있다. 직장인에게 휴직은 선택의 문제일 수 있지만, 세금과 급여 구조 이해는 필수다.